Barekstad har ein lang og spanande historie. Særs føregjekk her mykje under 2 verdskrig og i tida då sildefiske var på sitt beste.

Dei første spor etter folk på øya er nokre hellereistingar i Domba, som ligg vest på øya. Seinare, i vikingtida, skal Barekstad ha vore tilhaldsstad for vikinghødingen Baldarek. Barekstad tydar eigentleg Baldarekstadir, altså Baldarek sin stad. Ein anna viking, som har kome seg inn i øya sin historie, er Vemann. Han skal i  følge gamle historiar ligge gravd i ei røys, på fjellet Vemannsrøysa. 

Truleg er" Soga om Flora" eit av dei beste kjeldene til gamal lokalhistorie. Den tek for seg mellom anna historia til dei opprinnelege gardane på øya (Barekstad, Domba, Kittang og Hovden) frå 1300-1800. "Soga om Flora"  fortel om 5 barske og trassige barekstingar som sette seg opp danskekongen i 1567. Det enda med at dei vart sende til Bergen. Der vart alle fengsla, og ein av dei  vart henretta.

I fleire tiår var livet i Barekstad sterkt knytt til versemda i "Holmen", der ein tok seg av sild og anna fisk. Allereie under 1. verdskrig begynte  Gregoriussen familien å bygge opp anlegget i "Holmen" . Dei føste åra gjekk aktiviteten ut på brenning av tran og salting av sild og anna fisk. I 1920 vart anlegget i "Holmen" råka av ei økonomisk krise, og Grgoriussen mista anlegget. Ikkje mange år seinare hadde familien kjøpt opp igjen "Holmen". Fram til 1950 åra satsa ein på sildesalting og produksjon av tran. Mykje av den salta fisken vart sent til Russland, men noko spekesild gjekk og til fjordane på Vestlandet.

 I laupet av 1950 åra vart det i tillegg bygd ein sildeoljefabrikk. Aktiviteten i "Holmen" var tildels sesongprega, men på det meste arbeidde omlag 30 personar  her. På denne tida var nok også innbyggjertalet i Barekstad på det høgste, med omlag 250 mennesker. Det var til og med todelt skule på to plassar på øya. Produksjonen av sildeolje og sildemjøl helt på frm til 1980 åra, medan resten av aktiviteten vart meir eller mindre avvikla i 1960 åra. 

Det var også stor aktivitet på øya under 2 verdskrig. Domba som ligg vest på øya var ein viktig stad. Dette var eit av dei mest brukte plassane for motstandsfolk. Domba var ein viktig stasjon for britiske våpenagentar. Ein tok her imot våpen og ammunisjon, som sidan vart distribuert til motstandsrørsla elles i fylket. Domba var og viktig i transport av folk til og frå England. Mange folk gøymde seg i Domba, medan dei venta på å bli plukka opp av britiske fartty.

Ein kar i frå øya røymde med familien til England under krigen. Han var sidan i britisk teneste på mtb-båtar. Mellom anna var han med som kjentmann i ein aksjon mot tyskarane på Florøvika.Han skal og ha vore ein sentral person bak redninga av eit britisk mannskap, under same aksjonen.

I eit av dei første  krigsåra gjekk den tyske lastebåten "Frankenstein" på grunn i Barekstad. Etter eit britisk luftangrep gjekk den 10000 tonn store båten på grunn ved eit av dei små øyene like utan for Barekstad. Båten brakk i to, og sakk sidan, medan mannskapet vart redda. Barekstad vart og brukt av motstandsrørsla som observasjonsstad. Medlem av motstandsrørsla budde ei tid i Barekstad Dei halt oppsyn med trafikken til og frå Nordsjøen, og sende radiosignal til britane. I 1995, 50 år etter krigen var slutt, vart det lagt ned ei minnetavle i Hovdevågen.